Sejarah berdirinya lembaga ini diawali tahun 1992, dengan operasionalnya lembaga ini bernama Pusat Pengembangan Penataran Guru (PPPG) Keguruan, yang merupakan Unit Pelaksana Teknis dibawah Direktorat Pendidikan Dasar dan Menengah (Ditjen Dikdasmen), Departemen Pendidikan dan Kebudayaan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan nomor 0529/O/1990 tanggal 14 Oktober 1990. Pada awal berdirinya, PPPG Keguruan melaksanakan tugas dan fungsinya pertama kali tahun 1993 dengan diselenggarakannya penataran guru bimbingan dan penyuluhan (sekarang bimbingan dan konseling) untuk guru SMP dan SMA/SMK. Kemudian pada tahun 1995 memperoleh kepercayaan melaksanakan pendidikan dan pelatihan dibidang metodologi pembelajaran untuk guru TK dan SD, serta pendidikan jasmani dan kesehatan untuk guru pendidikan jasmani SMP dan SMA.
Perkembangan lebih lanjut, sebelum akhirnya berubah nama menjadi PPPPTK Penjas dan BK, seiring dengan dibentuknya Direktorat Jenderal Peningkatan Mutu Pendidik dan Tenaga Kependidikan (Ditjen PMPTK), pada tahun 2005 berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 31 tahun 2005, PPPG Keguruan tidak lagi dibawah Ditjen Dikdasmem, namun menjadi pembinaan dari Ditjen PMPTK dan mulai tahun 2012 Ditjen PMPTK dibubarkan dan dibentuk menjadi Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Pendidikan dan Kebudayaan dan Penjaminan Mutu Pendidikan (BPSDMPK dan PMP).
Pada tanggal 13 Februari 2007 Berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 8 tahun 2007 (sekarang Permendikbud No 41 Tahun 2012) tentang Organisasi dan Tata Kerja Pusat Pengembangan dan Pemberdayaan Pendidik dan Tenaga Kependidikan, PPPG Keguruan resmi berubah nama menjadi Pusat Pengembangan dan Pemberdayaan Pendidik dan Tenaga Kependidikan Pendidikan Jasmani dan Bimbingan Konseling (PPPPTK Penjas dan BK) dengan tugas utama adalah melaksanakan pengembangan pemberdayaan pendidik dan tenaga kependidikan bidang pendidikan jasmani dan bimbingan konseling. Dalam melaksanakan tugasnya, PPPPTK Penjas dan BK menyelenggarakan fungsi, sebagai berikut:
Pengelolaan data dan informasi peningkatan kompetensi pendidik dan tenaga kependidikan pendidikan jasmani dan bimbingan konseling SD, SMP dan SMA/SMK.
Penyusunan program dan pengembangan dan pemberdayaan pendidik dan tenaga kependidikan pendidikan jasmani dan bimbingan konseling SD, SMP dan SMA/SMK.
Fasilitas dan pelaksanaan peningkatan kompetensi pendidik dan tenaga kependidikan pendidikan jasmani dan bimbingan konseling SD, SMP dan SMA/SMK.
Evaluasi program dan fasilitasi peningkatan kompetensi pendidik dan tenaga kependidikan pendidikan jasmani dan bimbingan konseling SD, SMP dan SMA/SMK.
Pelaksanaan urusan admninistrasi PPPPTK Penjas dan BK.
Operasional PPPPTK Penjas dan BK berjalan pada rambu-rambu visi yang akan dicapai yakni menjadi pusat pengembangan dan pemberdayaan pendidik dan tenaga kependidikan pendidikan jasmani dan bimbingan konseling yang profesional dan berwawasan internasional.
Sebagai institusi yang memiliki tugas dan fungsi pengembangan dan pemberdayaan pendidik dan tenaga kependidikan pendidikan jasmani dan bimbingan konseling, lembaga ini mempunyai peran sentral dalam memberdayakan dan meningkatkan kompetensi pendidik dan tenaga kependidikan tersebut. Peran ini pada akhirnya diharapkan dapat turut meningkatkan mutu pendidikan nasional.
Mencermati besarnya tanggung jawab yang diemban oleh PPPPTK Penjas dan BK dalam melaksanakan tugas dan fungsinya, maka dituntut senantiasa meningkatkan kompetensi, akuntabilitas dan kredibilitasnya baik ditinjau dari segi keseluruhan kelembagaan, maupun dari segi individu personilnya.
Untuk memperoleh hasil (outcome) yang optimal dalam menyelenggarakan fungsinya guna memenuhi tuntutan dan kepuasan pelanggan, PPPPTK Penjas dan BK pada tahun 2007 bertekad melaksanakan tugasnya secara profesional dengan menerapkan manajemen mutu ISO 9001:2008. Dalam rangka ini, PPPPTK Penjas dan BK akan mengembangkan dan memberdayakan seluruh sumber daya yang ada dengan memenuhi semua persyaratan sistem manajemen mutu dan senantiasa melakukan perbaikan dan penyempurnaan yang berkesinambungan.